労働基準法第32条には，労働時間について以下のように定められています。
労働時間
第三十二条 使用者は，労働者に，休憩時間を除き一週間について四十時間を超えて，労働させてはならない。
○２ 使用者は，一週間の各日については，労働者に，休憩時間を除き一日について八時間を超えて，労働させてはならない。
従って，１日の場合８時間を超えて労働した時間，１週間の場合40時間を超えて労働した時間（１日８時間以内で通算が40時間を超えた場合）がその対象となります。
一方，時間外労働に対する支払い方法は下記のように定められています。
時間外，休日及び深夜の割増賃金
第三十七条 使用者が，第三十三条又は前条第一項の規定により労働時間を延長し，又は休日に労働させた場合においては，その時間又はその日の労働については，通常の労働時間又は労働日の賃金の計算額の二割五分以上五割以下の範囲内でそれぞれ政令で定める率以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。ただし，当該延長して労働させた時間が一箇月について六十時間を超えた場合においては，その超えた時間の労働については，通常の労働時間の賃金の計算額の五割以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。
○２ （略）
○３ （略）
○４ 使用者が，午後十時から午前五時まで（厚生労働大臣が必要であると認める場合においては，その定める地域又は期間については午後十一時から午前六時まで）の間において労働させた場合においては，その時間の労働については，通常の労働時間の賃金の計算額の二割五分以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。
○５ 第一項及び前項の割増賃金の基礎となる賃金には，家族手当，通勤手当その他厚生労働省令で定める賃金は算入しない。
要点を纏めてみます。
(1)時間外労働には，２割５分増しの賃金を支払う
(2)１ヵ月における時間外労働が通算60時間を超えた場合は，その超えた時間（61時間以降）については５割増しの賃金を支払う
(3)通常の労働時間が，午後10時から午前５時までの間（以下「深夜」という）を含む場合は，その時間について２割５分増しの賃金を支払う
(4)割増賃金の基礎となる賃金（時間給）には，家族手当，通勤手当その他厚生労働省令で定める賃金は含まない
計算方法は，それぞれ次のようになります。
１．通常：時間給×1.25×時間外労働時間
２．通算が60時間を超えた場合：時間給×1.5×時間外労働時間
３．深夜に労働した場合：時間給×1.25×時間外労働時間
時間外労働時間の計算は，原則として，１分単位で行なう必要があります。
労働者に不利にならない端数処理として，１か月の時間外労働時間を通算して30分未満の端数が出た場合には切り捨て，30分以上の端数は１時間に切り上げて計算することは認められていますが，日々の時間外労働時間をこのように端数処理することは認められていません。
夜勤の場合，上記の３に該当しますが，夜勤手当の額が３の計算を上回っていた場合は問題とはなりません。
従って，厳密な夜勤手当は，手当から３を差し引いた金額となると解釈できます。
又，１と３は同時に算定される場合も生じます。
即ち，時間外労働が深夜に及んだ場合は，午後10時から午前５時までの間の割り増し率は５割（2.5割＋2.5割）となります。
不慣れな方は，上のような計算をするのが大変だと思いますので，給与明細の時間外手当に疑問を持たれた場合，上記のことを参考にされた上で担当者に質問することをお勧めします。
給与は労働の対価です。
そこは遠慮なくたずねて下さい。
相手にはその疑問に答える義務があります。
