通勤手当の支給方法は，各人の通勤手段が様々であることから，何が合理的な支給方法かの回答を見つけるのは困難な感じがしています。
支給の計算は，公共交通機関の利用者はまだいいのですが，それ以外の場合，計算方式の難しいところがあります。
例えば，職場から４kmのところに住んでいる職員が何名かいるとします。
Ａさんは自動車，Ｂさんは単車，Ｃさんは自転車，Ｄさんは徒歩の場合どう支払えばよいか。
ＡさんとＢさんはガソリン代を負担していますが，Ｃさん及びＤさんは負担していません。
前者の二人だけを対象とすると，後者の二人は不満を持ちますね。
この様な場合，私の職場（法人）では，自動車と単車の燃費を勘案した金額，即ち車はリッター当たり 10km 走ると考え，これにガソリンの実勢価格をかけて支払うようにしていました。
つまり，
ガソリン代×自宅から職場までの距離（通勤距離）／10km
という式で算出します。
これだと，通勤距離を申告してもらえばどの距離でも算出可能です。
単車も同様の計算式ですが，リッター当たりの距離を変えています。
又，ガソリン価格については，３ヵ月毎に近隣のスタンドの価格を参考にしていました。
この１日当たりの金額に１ヵ月の平均勤務日数を乗じたものが１ヵ月の通勤手当となります。
あくまで勤務すべき日数に対してのみ対象になることに注意して下さい。
自転車と徒歩の方には申し訳ないのですが，一律の金額にしていました。又，満２km以下の通勤距離の者は，不支給にしています。
大抵の法人は，公共交通機関の利用者の利便性を図るために最寄りの駅まで送迎バスを出していると思います。
従って，利用者は自宅から最寄りの駅までの運賃が支給対象額となります。
中には，特急料金は支給されるのかと質問される方がありますが，申し訳ないがそれは対象外です。
遅刻しそうになったので，特急を利用したから支払えと言われる職員もいますが，その原因はご自身にあるので当然無理です。
勤務する方は赤字を出してまで行きたくないし，法人側も過剰な支払いはしたくありません。
双方の妥協できるところを探るのはなかなか困難で，妥当性のある支払い方法を見つけることは永遠のテーマでもあります。
尚，通勤手当は，過大な支払でない限り，所得税の課税対象とはなりません。